| 巻数 | 主なストーリー |
| １ | ・ナルトが九尾について知る ・アカデミー卒業 ・スリーマンセルを組んで下忍になるための試験に挑む |
| ２ | ・サスケ、サクラと共に下忍として認められる ・カカシ班、波の国に旅立つ ・鬼兄弟・再不斬に襲われる ・白登場。再不斬を救出 ・イナリの家に泊まる |
| ３ | ・木登り修行開始 ・イナリの過去を聞く ・再不斬・白と決戦 ・サスケが写輪眼開眼 |
| ４ | ・白の過去を聞く ・再不斬・白が戦死。町民が立ち上がる ・木の葉へ戻り、中忍選抜試験受付へ向かう |
| ５ | ・サスケvsリー ・中忍選抜第一の試験突破 ・中忍選抜第二の試験開始 |
| ６ | ・大蛇丸に襲われ、ナルトに五行封印・サスケに呪印が施される ・音忍と遭遇し、リーが参戦 |
| ７ | ・音忍戦にアスマ班参戦 ・サスケ復活。音忍を撃退する ・砂チーム第二試験突破 ・雨忍と戦闘 ・カカシ班・カブト班が塔にたどり着く |
| ８ | ・カカシ班第二試験突破 ・中忍選抜第三試験予選（サスケvsヨロイ。ザクvsシノ。ツルギvsカンクロウ。サクラvsいの前半） |
| ９ | ・第三試験予選（サクラvsいの後半。テンテンvsテマリ。シカマルvsキン。ナルトvsキバ。ヒナタvsネジ） |
| １０ | ・第三試験予選（我愛羅vsリー。チョウジvsドス） ・カブトの正体がカカシにバレる |
| １１ | ・自来也の蝦蟇口寄せ修行。五行封印が解かれる ・リーの病室で我愛羅の過去が明かされる ・中忍選抜第三試験本戦開始 |
| １２ | ・第三試験本戦（ナルトvsネジ。テマリvsシカマル） |
| １３ | ・第三試験本戦（我愛羅vsサスケ） ・木の葉崩し始まり |
| １４ | ・木の葉崩し（我愛羅追跡。火影vs大蛇丸） ・サスケと我愛羅が対峙 ・シノvsカンクロウ |
| １５ | ・サスケvs我愛羅 ・ナルトとサクラが参戦 ・我愛羅完全体vsガマブン太 ・狸寝入りの術発動 ・ナルト・ブン太のコンビ変化 |
| １６ | ・我愛羅撃破 ・大蛇丸の腕封印 ・木の葉崩し集結 ・木の葉にイタチ・鬼鮫襲来 ・ナルト、自来也と綱手探しの旅に出る |
| １７ | サスケ、イタチと遭遇。再起不能に ・螺旋丸の修行開始。水風船をクリアし、ゴムボールに挑戦 |
| １８ | ・螺旋丸修行のゴムボールクリア ・綱手に大蛇丸が接触 ・ナルトと綱手が螺旋丸完成の賭け ・綱手が単身大蛇丸の元へ |
| １９ | ・大蛇丸・カブトvs綱手・ナルト・自来也 ・螺旋丸完成。カブトを撃破 ・巨大口寄せ動物三竦みの戦い ・綱手・シズネと共に木の葉へ |
| ２０ | ・綱手が火影に、シカマルが中忍に昇格 ・リーの再起不能宣告・サスケ復活 ・音の四忍集がサスケに接触 |
| ２１ | ・サスケの里抜け ・サスケを追跡 ・チョウジvs次郎坊 |
| ２２ | ・ネジvs鬼童丸 ・大蛇丸の転生 |
| ２３ | ・キバ・赤丸vs左近・右近 ・ナルトvs君麻呂 ・シカマルvs多由也 |
| ２４ | ・サスケが状態２になる能力を得る ・リー復活・参戦 ・砂姉弟参戦。左近・右近・多由也・君麻呂撃破 |
| ２５ | ・ナルトvsサスケ |
| ２６ | ・カカシ出動 ・ナルトvsサスケ（決着） |
| 巻数 | 主なストーリー |
| ・我愛羅が風影、ネジ・テマリ・カンクロウが上忍、サクラ・いの・チョウジ・リー・テンテン・キバ・ヒナタ・シノが中忍となっている | |
| ２８ | ・ナルト帰郷 ・カカシ班再結成 ・我愛羅vsデイダラ ・我愛羅が暁に連れ去られる ・カカシ班出動 ・カンクロウが毒に侵されてサクラが治療 ・ガイ班出動 |
| ２９ | ・ガイ班vs鬼鮫 ・イタチvsチヨ・カカシ班 ・尾獣と人柱力について明かされる ・一尾を抜かれて我愛羅死亡 ・暁アジト前でカカシ班・ガイ班合流 |
| ３０ | ・チヨ・カカシ班が暁アジトに突入・ガイ班が罠にはまる ・サクラ・チヨvsサソリ（本体を使い始める） ・ナルト・カカシがデイダラを追跡 ・カンクロウ復活。砂忍が動き出す |
| ３１ | ・サクラ・チヨvsサソリ（決着） ・ナルト・カカシvsデイダラ ・チヨ・カカシ班・ガイ班合流 ・我愛羅復活。チヨ殉職 ・トビが暁に入る |
| ３２ | ・木の葉へ帰る ・新カカシ班結成（ヤマト・ナルト・サイ・サクラ） ・天地橋でカブトに接触 |
| ３３ | ・新カカシ班vs大蛇丸・カブト ・九尾の衣４本目vs大蛇丸 ・サイが極秘任務（サスケ暗殺）開始 |
| ３４ | ・大蛇丸のアジトへ ・サイが絵本を完成させる ・サスケとの再会 ・サスケの写輪眼が九尾の力を抑える |
| ３５ | ・木の葉に戻り、ナルトが多重影分身を使った修行を開始 ・ユギトと火ノ寺が角都・飛段に襲われる ・デイダラ・トビが三尾を捕獲 |
| ３６ | ・ナルトがチャクラの性質変化習得 ・アスマ隊vs飛段。アスマ殉職 |
| ３７ | ・風遁・螺旋手裏剣完成 ・カカシ・シカマル・いの・チョウジvs飛段・角都 ・シカマルが飛段を引き離す ・ヤマト・ナルト・サクラ・サイ参戦 ・シカマルが飛段を封じる |
| ３８ | ・ナルトが角都を撃破 ・サスケが大蛇丸を取り込む ・水月・香燐登場。重吾に会いにいく |
| ３９ | ・重吾が加わって「蛇」結成 ・イタチ・鬼鮫が四尾を捕獲 ・蛇がうちはの武器屋へ ・サスケを目指して木の葉小隊出発 ・大蛇丸の一部を移植したカブト現る ・サスケvsデイダラ |
| ４０ | ・サスケvsデイダラ（決着） ・イタチが影分身でナルトに接触 ・サスケとイタチが遭遇 ・自来也が雨隠れに潜入 |
| ４１ | ・自来也vs小南 ・自来也vsペイン |
| ４２ | ・自来也vsペイン。自来也死す ・サスケvsイタチ ・木の葉がトビに遭遇 |
| ４３ | ・サスケvsイタチ。イタチ死す ・木の葉vsトビ ・マダラがサスケに接触。真実を話す ・蛇を脱して「鷹」結成 |
| ４４ | ・鷹と暁が手を組む ・ナルトが妙木山で修行開始 ・鷹vsキラービー |
| ４５ | ・鷹がキラービーのタコ足を持ち帰る。 ・ナルトが仙人モード習得 ・ペインが木の葉を襲う |
| ４６ | ・木の葉vsペイン ・ナルトvsペイン |
| ４７ | ・ナルトの八尾発現 ・ナルトvsペイン決着 |
| ４８ | ・ナルトがペインと直談判 ・木の葉復活 ・ダンゾウが六代目火影に就任 ・風影一行とサスケが五影会談に出発 |
| ４９ | ・土影・水影・雷影・火影が五影会談に出発 ・ナルトが雷影にサスケの許しを請う ・五影会談 ・ゼツとサスケが五影会談を襲撃 ・マダラがナルトと接触。イタチの真実とうちはの歴史を語る ・雷影vsサスケ |
| ５０ | ・風影チームvsサスケ ・水影vsサスケ ・マダラが第四次忍界対戦宣戦 ・忍五大国と鉄の国による忍連合軍結成 ・キラービーvs鬼鮫 |
| ５１ | ・サクラ達がサスケを追う ・マダラvsダンゾウ一行 ・サスケvsダンゾウ。ダンゾウ死す |